Nascido em Seattle em 1960, Thayil cresceu no subúrbio de Park Forest em Chicago. Seus pais vieram do estado de Kerala, na Índia, para Seattle. Seu pai, Boniface Thayil, formou-se em engenharia química, conseguiu emprego em Chicago e se mudou para lá com sua família. Thayil começou a escrever letras aos 12 anos.